Malkovich được sinh ra ở Christopher, Illinois. Ông bà nội là người Croatia, ở Ozalj tại Croatia.[1][2][3][4] Mẹ ông là người gốc Scotland và Đức.[5] Ông lớn lên ở Benton, Illinois trong một ngôi nhà lớn ở đường chính phía Nam. Cha ông, Daniel Leon Malkovich, là một giám đốc bảo tồn nhà nước và nhà xuất bản tạp chí bảo tồn Illinois.[6][7][8]

Trong suốt những năm trung học, Malkovich tham gia đóng nhiều vở kịch và chương trình âm nhạc. Ông cũng là thành viên của nhóm nhạc folk/rock, và là một thành viên trong nhà hát địa phương/bộ phim hài mùa hè ở Benton năm 1972, nơi ông đồng đóng vai chính trong Jean-Claude van Itallie của American Hurra. Sau khi tốt nghiệp trung học, ông vào Đại học Đông Illinois, và sau đó chuyển đến Đại học bang Illinois, nơi ông theo học chuyên ngành trong nhà hát.[9]